Whole Genome Sequencing

Bei der whole genome Sequenzierung wird die komplette DNA eines Organismus sequenziert. Je nach Größe des Genoms kommen verschiedene NGS-Plattformen in Frage, wobei für kleine bis mittlere Genomgrößen (1 Mb bis 120 Mb, bei einer durchschnittlichen Abdeckung von 100 x) der Ion PGM (Lifetechnologies) oder der MiSeq (Illumina) verwendet werden. Für größere Genome eignen sich der SOLiD 5500xl (Lifetechnologies) oder der HiSeq2500 (Illumina).

Im GTL wurden bisher erfolgreich Genome von Mycobacterium sp. (~4,4 bis 6,9 Mb; GC-Gehalt >65 %), Chlamydia sp. (~ 1 Mb) und Enterobacter sp. (~ 5,3 Mb) auf dem PGM bzw. auf dem MiSeq sequenziert.

Das GTL kann Ihnen bei der Planung und dem Design eines Experiments sowie der Durchführung und Datenauswertung behilflich sein.