Service - Qualitative Analysen von DNA und RNA

Für die hoch-sensitive, qualitative Beurteilung von Nukleinsäure Proben (DNA und RNA) stehen dem GTL zwei Kapillargelelektrophorese Plattformen zur Verfügung. Beide Plattformen arbeiten mit Fluoreszenzfarbstoffen und sind deshalb sehr sensitiv.


Der Bioanalyzer von Agilent ist eine Mikrofluidik-Plattform, um mit vorgefertigten Analyse Chips (siehe Eckdaten weiter unten) bis zu 12 Proben (DNA, RNA, Proteine) gleichzeitig der Größe nach innerhalb von 30 – 40 Minuten aufzutrennen. Die Qualität/Integrität von RNA Proben wird durch eine sog. RNA Integrity Number (RIN) auf einer Skala von 1-10 wieder gegeben (1 entspricht der niedrigsten und 10 der höchsten Qualität).


Agilent 2100 Bioanalyzer zur RNA-Analyse

Der Fragment Analyzer Fragment Analyzer von AATI ist ein fluoreszenzbasiertes Kapillarelektrophoresesystem, mit der man bis zu 11 Proben (DNA, RNA, Proteine) parallel der Größe nach auftrennen und quantifizieren kann. Durch die Verwendung eines interkalierenden Fluoreszenzfarbstoffes können geringe Mengen an Ausgangsmaterial in einem niedrigen Probenvolumen analysiert werden. Der Fragment Analyzer liefert ähnlich wie der Bioanalyzer Qualitätsparameter für RNA Proben (RNA Quality Number; RQN). Zudem bietet der Fragment Analyzer die Möglichkeit auch sehr große genomische DNA Fragmente hinsichtlich ihrer Integrität zu beurteilen, da dieser die Technik der Pulsfeldgelelektrophorese verwendet. Für die Analyse hoch-molekularer genomische DNA (bis zu 50.000 bp) kann ebenfalls ein Qualitätswert (DNA Quality Number; DQN) ermittelt werden.


Fragment Analyzer (Adavanced Analyticals)

Beide Systeme werden im GTL routinemäßig für Qualitätskontrollen von total-RNA, mRNA, PCR-Produkten und genomischer DNA eingesetzt. Außerdem können der Erfolg von RNA-Amplifikationen, RNA-Fragmentierungen im Rahmen der Microarray-Analytik und die Qualität von NGS-Bibliotheken damit überprüft werden.


Bei Verwendung entsprechender alternativer Verbrauchsmaterialien können mit beiden Analyseplattformen auch Proteine quantitativ und qualitativ analysiert werden. Da dies jedoch nicht routinemäßig erfolgt, bitten wir für derartige Analysen um vorherige Rücksprache.


Probenvorbereitung

Für den RNA-Analyse-Service registrieren sich neue Nutzer vor der ersten Probenabgabe bitte hier: Registrierungsformular.

Für die RNA-/DNA-Analysen stehen im GTL folgende fünf verschiedene Agilent Bioanalyzer Assays zur Verfügung (Bioanalyzer small RNA Chips bieten wir nur nach vorheriger Anfrage an):


Eckdaten Bioanalyzer

Assay Konzentrationsbereich
Total-RNA/-DNA
Konzentrationsbereich mRNA Proben/Chip Kosten/Chip
RNA 6000 Pico Chip 50 - 5000 pg/µl 250 - 5000 pg/µl 1 - 11 55,- €
RNA 6000 Nano Chip 50 - 500 ng/µl 25 - 250 ng/µl 1 - 12 50,- €
Small RNA Chip 50 - 2000 pg/µl
gereinigte miRNA in
Wasser gelöst
-- 1 - 11 80,- €
HighSensitivity DNA Chip down to 5 pg/µl -- 1 - 11 70,- €
DNA 1000 Chip 0.1 - 50 ng /µl -- 1 - 12 50,- €

Eckdaten Fragment Analyzer

Assay Art Konzentrationsbereich Mindestanzahl
Proben/Lauf
Kosten/Probe
DNF-471 Standard
Sensitivity Assay
totalRNA 50 - 500 ng/µl 1 1 - 6 Proben 25,- €
mRNA 50 - 500 ng/µl ab 7 Proben +4,- € / Probe
DNF-474 High
Sensitivity NGS
Fragment Analysis Kit
definierter Peak 50 - 500 pg/µl 1 1 - 6 Proben 25,- €
smear analysis 250 - 5000 pg/µl ab 7 Proben +4,- € / Probe
DNF-488 High
Sensitivity Genomic
DNA Analysis Kit
definierter Peak --- 1 1 - 6 Proben 25,- €
smear analysis 50 - 5000 pg/µl gDNA ab 7 Proben +4,- € / Probe

Um Misserfolge zu vermeiden, achten Sie bitte bei der Probenvorbereitung auf die Einhaltung der o.g. Konzentrationsbereiche für den jeweiligen Assay, da die Konzentrationen von uns nicht überprüft werden. Das minimale Probenvolumen sollte dabei 5 µl nicht unterschreiten.


Formalitäten

Bitte geben Sie die vorbereiteten Proben in Geb. 23.12 Ebene 02, Raum 31, ab. Weiterhin benötigen wir zur Bearbeitung Ihrer Proben:

  • einen ausgefüllten Blockzettel als Auftragsformular (inkl. Kostenstelle und GTL-Abrechnungsaccount / Username)
  • das Probeninformationsblatt (siehe Downloads) per E-Mail an
  • bei erstmaligem Auftrag eine ausgedruckte und unterschriebene Datenschutzerklärung (siehe Downloads)

Sobald die Proben zusammen mit den o.g. Unterlagen vorliegen, werden die Analysen in der Regel innerhalb von zwei Werktagen durchgeführt.


Wichtig:

  1. Bitte vermerken Sie auf dem Blockzettel den exakten Namen, unter dem Sie die Registrierung vorgenommen haben (Username).
  2. Sollten Sie prokaryotische/pflanzliche RNA-Präparation zur Analyse bringen, teilen Sie uns dies bitte mit, da entsprechende Bioanalyzer-Assays ausgewählt werden müssen. Gleiches gilt für die Analyse von mRNA-Präparationen

Nach der Analyse stehen die Ergebnisse in Ihrem User-Account zum Download zur Verfügung.

Die Ergebnisse werden als PDF-Datei bereitgestellt. Außerdem erhalten Sie eine entsprechende xad-Datei mit den Originaldaten der Messung. Dieses Dateiformat ist mit der Bioanalyzer Expert Software lesbar.