Informationen zum Leistungsspektrum der DNA-Sanger Sequenzierung und Fragmentanalyse

Bearbeitungszeiten

Proben, die vor 9.00 Uhr unser Labor erreichen, werden in der Regel noch am gleichen Tag bearbeitet, und die Ergebnisse am Folgetag zum Download bereit gestellt. Besonders wichtige und eilige Proben können wir auch innerhalb von 4 Stunden analysieren (siehe Xpress-Service).

Wichtig: Ihre DNA-Proben dürfen maximal der Sicherheitsstufe S1 unterliegen.


Analysetypen / Kategorien

1. „Full-Service”

Ihre Template-DNA wird mit einem unserer Standardprimer oder Ihrem individuellen Sequenzierungsprimer (z.B. PCR-Primer) sequenziert.

Wir führen alle Analyseschritte für Sie durch. Bei Bedarf wiederholen wir einmalig kostenfrei Ihre Sequenzierung - auch unter Verwendung von Spezialprotokollen. Dafür stehen mehrere Geräte der Firma Applied Biosystems zur Verfügung. Die resultierenden DNA-Sequenzierungsergebnisse werden auf ihre Qualität hin untersucht und manuell überarbeitet („editiert”). Alle wichtigen Informationen zu den Proben werden über das Web-basiertes Eingabesystem eingegeben oder in Form einer Excelliste übermittelt. Die dazu entsprechende Vorlage finden Sie im Downloadbereich.

Sie wählen zwischen:
  • kurze (short: ca. 500 bp) Sequenzanalysen von PCR-Produkten („Standard-S“)
  • lange (long: ca. 1000 bp) Sequenzanalysen von Plasmiden („Standard-L“)
  • sehr schnellen (ca. 4 Std.) Sequenzanalysen („Xpress-S“)

„XPress-Service”

Wir bieten Ihnen die Möglichkeit, ihre eiligen Proben besonders schnell (Xpress-Service) sequenzieren zu lassen. Innerhalb von 4 Stunden nach Probenerhalt stehen Ihnen die Ergebnisse zur Verfügung. Aktuell bieten wir den XPress-Service für maximal 48 Proben als ‚full-service’ mit einer Leseweite von ca. 500 Basen an, d. h. wir überprüfen die Qualität und wiederholen bei Bedarf die Sequenzierung. Ihre eiligen Proben sollten bis 9.00 Uhr bzw. 12.00 Uhr zur Bearbeitung vorliegen.


„Xlong”

Bei der Xlong-Analyse werden die Sequenzierungsergebnisse aus der Kategorie Standard-L bioinformatisch weiterverarbeitet, so dass primär lange Sequenzen besser aufgelöst werden und dadurch Leseweiten von über 1 Kb generiert werden können .Die erneute Auswertung der Chromatogrammdaten ist aber unter Umständen für die Detektion und Quantifizierung von Allelvarianten nicht geeignet.Sollte die Xlong-Analyse zu keiner Verbesserung der Sequenzlänge führen, fallen keine Mehrkosten im Vergleich zur Sequenzierung der Kategorie Standard-L an.


2. „Xpert-Service”

Wenn Sie Erfahrung im Umgang mit Sequenzierungsproben haben und wissen, dass Ihre DNA-Templates sich gut sequenzieren lassen, führen wir für Sie kostengünstige Sanger-Sequenzierungen durch. Wir bearbeiten dazu Ihre Proben nach etablierten und optimierten Standard Protokollen. Bei Sequenzierungsausfällen aufgrund schwieriger DNA-Template Sequenzen wiederholen wir die Analysen jedoch nicht kostenfrei. Die Sequenzierungsergebnisse werden nicht manuell überarbeitet („editiert”) sondern automatisiert prozessiert und Ihnen übermittelt. Alle wichtigen Informationen zu den Proben werden über das Web-basiertes Eingabesystem eingegeben oder in Form einer Excelliste übermittelt. Die dazu entsprechende Vorlage finden Sie im Downloadbereich.

Sie wählen zwischen:
  • kurze (ca. 500bp) Sequenzanalysen („Xpert-S“)
  • lange (ca. 800bp) Sequenzanalysen („Xpert-L“)

3. Sequenzierung von vorgemischten Proben („Pre-mixed”)

Sie bereiten entspreche DNA-Templatemengen sowie Primer und Wasser in passenden 96Well Microtiterplatten vor (Gedamtvolumen jeweils 7,5 ul). Wir komplettieren die Sequenzreaktion und führen die Aufreinigung sowie die Analyse auf einem Sequenziergerät durch. Die resultierenden DNA-Sequenzierungsergebnisse werden auf ihre Qualität hin untersucht und überarbeitet („editiert”). Wiederholungen können bei dieser Auftragsart in der Regel nicht kostenfrei durchgeführt werden. Sämtliche Informationen zu Ihren Proben werden in Form einer Excelliste an uns übermittelt. Die dazu entsprechende Vorlage finden Sie im Downloadbereich.

Sie wählen zwischen:
  • kurze (ca. 500bp) Sequenzanalysen („Premixed-S“)
  • lange (ca. 800bp) Sequenzanalysen („Premixed-L“)

4. Analyse von komplett vorbereiteten Proben („Ready-to-load”)

Sie führen die komplette Sequenzierreaktion eigenständig durch und geben Ihre aufgereinigten, bereits in Formamid gelösten Sequenzierproben bei uns ab. Wir führen die Analyse auf dem Sequenziergerät durch. Die resultierenden DNA-Sequenzierungsergebnisse werden auf ihre Qualität hin untersucht und manuell überarbeitet („editiert”). Wiederholungen können bei dieser Auftragsart in der Regel nicht kostenfrei durchgeführt werden. Alle wichtigen Informationen zu den Proben werden über das Web-basiertes Eingabesystem eingegeben oder in Form einer Excelliste übermittelt. Die dazu entsprechende Vorlage finden Sie im Downloadbereich.

Sie wählen zwischen:
  • kurze (ca. 500bp) Sequenzanalysen („Readytoload-S“)
  • lange (ca. 800bp) Sequenzanalysen („Readytoload-L“)

5. Fragmentanalyse

Zur Bestimmung von DNA-Fragmentgrößen geben Sie Ihre farbmarkierten und in Formamid gelösten Proben bei uns ab. Auf Wunsch versetzen wir Ihre Proben mit entsprechenden Längenstandards und unterstützen Sie bei der Auswertung. Sämtliche Informationen zu Ihren Proben werden in Form einer Excelliste an uns übermittelt. Die dazu entsprechende Vorlage finden Sie im Downloadbereich.

Sie wählen zwischen:
  • Fragmentanalysen von komplett vorbereiteten und mit Längenstandard versetzten Proben („Ready-to-run-F1“)
  • Fragmentanalysen bei denen wir einen entsprechenden Längenstandard zusetzen („Pre-pared-F2“)
  • Fragmentanalysen bei denen wir einen entsprechenden Längenstandard zusetzen und für Sie
    die Auswertung übernehmen („Pre-pared-F3“)

6. MLPA Analysen

Die MLPA (Multiplex-Ligation-dependent Probe Amplification) basiert auf einer Multiplex-PCR ligierter MLPA-Sonden und deckt Variationen in der Kopienanzahl von DNA oder RNA Sequenzen auf. Es ist eine sensitive Methode zur relativen Quantifizierung von DNA Fragmenten. Diese erfolgt auf einem Kapillarsequenziergerät.

Die Analysedaten werden auf die korrekte technische Durchführung hin überprüft und als Rohdatenfiles zur Verfügung gestellt. Auf Wunsch können wir die Ergebnisdaten auswerten oder Datentabellen für weitere Analysen zur Verfügung stellen.



Hinweise:

Bitte vermerken Sie in Ihren Auftragsunterlagen (Blockzettel/Bestellschein, Kommentarzeile in der Excel-Vorlage, Zusatzinformation im Web-System) den von Ihnen gewünschten Analysetyp (siehe Kurzbezeichnungen in den Klammern).

Es können nur 'Long-Read' oder nur 'Short-Read' Analysen pro Auftrag durchgeführt werden! Bitte nicht mischen!

Wichtig: Alle Ihre DNA-Proben dürfen maximal der Sicherheitsstufe S1 unterliegen.