Service - Bioinformatik

Die Bioinformatik spielt in der Nukleinsäureanalytik eine sehr wichtige Rolle. Daher unterstützen wir Sie selbstverständlich auch in diesem Bereich.

  • Roche/454 Genome Sequencer FLX-System
  • Solexa Technology/Illumina HiSeq 2000
  • LifeTechnologies 5500xl SOLiD™ System
  • LifeTechnologies Ion Torrent PGM

Ein weiterer Schwerpunkt unserer Arbeiten liegt in der globalen Genexpressionsanalyse. Dabei kommen je nach Fragestellung entweder DNA-Microarrays oder Next Generation DNA-Sequenzierungsverfahren (RNA-Seq) zum Einsatz.

Für die Analyse und Interpretation von DNA-Microarray Daten verfügen wir über etablierte und optimierte Auswertestrategien: Abhängig vom jeweilig verwendeten experimentellen Design und der verwendeten Microarray Plattform kommen verschiedene Software-Pakete zur statistischen Datenanalyse zum Einsatz (GeneSpring GX11.5, Partek Genomic Suite, Bioconductor-R-Pakete). So generieren wir für Sie spezifische Genexpressionsprofile und führen diverse Clusteranalysen durch (hierarchisches Clustering, Principal Component Analysis PCA). Die Identifikation differentiell exprimierter Gene erfolgt anschließend über verschiedene statistische Methoden bis hin zur mehrfaktoriellen Varianzanalyse (ANOVA; analysis of variance) inklusive Fehlerkorrektur bei multiplen Tests.

Grafik einer hierarchischen Clusteranalyse

Hierarchische Clusteranalyse

Grafik einer hierarchischen Clusteranalyse
Grafik einer Principal Component Analysis

Principal Component Analysis

Grafik einer Principal Component Analysis

Zur funktionellen Analyse der differentiell exprimierten Gene können wir sowohl GeneOntology Analysen als auch detaillierte Netzwerk- und Pathway-Analysen durchführen.

Grafik einer Gene Ontology-Analysis

Gene Ontology-Analysis

Grafik einer Gene Ontology-Analysis
Grafik einer Netzwerk-Analyse

Netzwerk-Analyse

Grafik einer Netzwerk-Analyse

Für die Analyse von Hochdurchsatz DNA-Sequenzierungsdaten verwenden wir einerseits Plattform-spezifische Tools (z.B. BioScope für SOLiD-Daten, Genome Sequencer Data Analysis für Roche/454 Daten und CASAVA für Illumina/Solexa-Daten), andererseits auch Plattform-unabhängige Tools wie z.B. ‚CLCbio Genomics Workbench’ oder „Partek Genomic Suite“ für weiterführende Analysen und Interpretation.

Bei sehr komplexen bioinformatischen Fragestellungen arbeiten wir eng mit den Mitarbeitern des Schwerpunktes Bioinformatik im BMFZ zusammen.

Ansprechpartner:


(0211) 81 - 1 04 75


(0211) 81 - 1 31 65