Transcriptome Sequencing (RNA-Seq)

Mit den im GTL zur Verfügung stehenden NGS-Geräten können umfassende Genexpressionsanalysen durchgeführt werden. Da es sich bei den verwendeten Plattformen um offenen Systeme handelt, besteht gegenüber entsprechenden Microarray basierten Analysen eine deutlich höhere Flexibilität bezüglich der zu untersuchenden Organismen sowie der Analysetiefe. Daher werden im GTL sowohl mRNA-Expressionsprofile von Modellorganismen (Mensch, Maus, Ratte, Arabidopsis etc.) als auch von Nicht-Modellorganismen (diverse Bakterien, Pflanzen) generiert. Ebenso bieten wir die Analyse der entsprechenden miRNA-Expression an.

Durch die Wahl einer entsprechenden Sequenzierungstiefe ermöglicht der NGS-Ansatz weiterhin die Analyse von Transkriptvarianten (alternative splicing) sowie die Identifikation von bisher unbekannten Transkripten.

Je nach Organismus und gewünschter Analysetiefe werden folgende Sequenzierungsgeräte zur mRNA-Expressionsanalyse genutzt:

Für die miRNA-Analytik bieten sich folgende Geräte an:

Das GTL kann Ihnen bei der Planung und dem Design eines Experiments sowie der Durchführung und Datenauswertung behilflich sein.