NGS Bioinformatik

Transcriptome Sequencing (RNA-Seq)

Für die Analyse von umfangreichen RNA-Seq-Datensätzen stehen uns verschiedene kommerzielle und open source Software-Pakete sowie die entsprechenden IT-Ressourcen zur Verfügung..

Während der primären Datenanalyse wird die Qualität der generierten Rohdaten (Sequenzreads im fastq- / xsq-Format) überprüft und dokumentiert.

Für die Bewertung der Sequenzdaten werden u.a. folgende Parameter herangezogen:

  • Korrekte Erkennung der Barcodes / Demultiplexing
  • Readzahlen pro Lauf / Lane / Chip / Sample etc.
  • Readlängenverteilung
  • Durchschnittliche Qualität der Reads

Die detaillierte sekundäre Datenanalyse (read mapping, miRNA detection) bzw. die Analyse der differentiellen Genexpression wird mit den entsprechenden geeigneten Softwarepaketen durchgeführt (CLCbio Genomics Workbench, Partek Genomics Suite, etc.).

Auf Wunsch führen wir weiter gehende, tertiäre Datenanalysen auf funktioneller Ebene durch (Ingenuity Pathway Analysis).


Microbiome Profiling (16S Amplicon-Sequencing)

Für die Analyse von 16S Sequenzierungsdatensätzen nutzen wir verschiedene open source Software-Pakete sowie daraus zusammengestellte Software-Pipelines.


Targeted Resequencing

Für die Analyse von NGS-Daten stehen uns kommerzielle und open source Software-Pakete sowie die entsprechenden IT-Ressourcen zur Verfügung.

Während der standardmäßig durchgeführten primären Datenanalyse wird die Qualität der generierten Rohdaten (Sequenzreads im fastq- / xsq-Format) überprüft und dokumentiert. Für die Bewertung der Sequenzdaten werden u.a. folgende Parameter herangezogen:

  • Korrekte Erkennung der Barcodes / Demultiplexing
  • Readzahlen pro Lauf / Lane / Chip / Sample etc.
  • Readlängenverteilung
  • Durchschnittliche Qualität der Reads

Bei Bedarf wird eine detaillierte sekundäre Datenanalyse (read mapping, variant calling) mit den entsprechenden geeigneten Softwarepaketen durchgeführt (TorrentSuite Software, CLC Genomics Workbench, Lasergene, etc). Dabei werden die erzeugten NGS-Reads an die vorher definierte Referenz aligniert und nach Unterschieden gesucht. Die Parameter der sekundären Datenanalyse, wie z.B. minimale Allelfrequenz etc. können an die Eigenschaften der Probe angepasst werden.

Auf Wunsch führen wir mit den ermittelten Varianten eine Datenbankabfrage und/oder eine Gene Ontology-Abfrage durch. Weiterhin können wir im Rahmen einer Kooperation Trio-Analysen bzw. nach verschiedenen Erbgängen von Mendelschen Erkrankungen filtern oder de novo Mutationen finden.